丽水学院农业硕士专业学位授权点下设资源利用与植物保护、农业管理两个领域。其中资源利用与植物保护领域依托单位为生态学院，主要以“农业资源利用”和“生态学”学科为支撑，两个学科分别为丽水市重点和浙江省一流学科B类建设学科，学校“十四五”规划进一步明确强化学科建设支撑硕士点建设和服务特色产业发展的能力。目前遴选校内外优秀硕士生导师52名，其中，浙江省151第一层次、省领军人才、省学科带头人等省级人才9名，导师中博士占比83%。硕士点依托“浙江省丽水市中药产业技术创新服务平台”“丽水学院生态园林实训基地”等省级科研教学平台，以产业需求为导向，立足山区丰富的农业资源，产学研融合突出。硕士导师近年承担国家自然科学基金等纵横向科研项目60余项，科研经费1200余万元，为培养硕士研究生提供良好保障。资源利用与植物保护领域专业硕士点目前包括“山区特色生物资源开发与利用”和“山地农业生态环境保护与修复”两个方向。专业立足区域农业资源，以“两山”理念为指导，围绕土、肥、水、气、热等农业资源高效利用与保护，开展农业资源化利用技术、绿色健康产品研发、动植物生态保护、环境污染与生态修复和产业技术创新及技术体系集成等方面研究，培养适应现代农业经济建设和农村社会发展需求，服务农业高质量绿色发展，德智体美劳全面发展的高素质应用型、复合型高层次专业硕士人才。

农业管理领域依托单位为商学院，旨在研究探索现代农业发展过程及其规律，保障农产品有效供给和质量安全，提升农业可持续发展能力的学科领域，目前包括农业经济与政策、涉农企业管理和农业生态管理三个方向。本领域依托中国（丽水）两山研究院省重点智库、生态经济研究中心省级博士后工作站、区域经济学省重点学科，培养适应我国现代农业发展需要，具有扎实的经济学、管理学理论基础，一定的农业专业基础知识，较好的创新能力和经营管理能力，能够胜任各级农业管理机构相关政策制定、解释和执行，涉农企业管理，金融机构涉农业务管理，农业科技组织管理，农业技术推广、农业标准化、农产品物流、农产品电商和营销等工作，知识、能力、素质协调发展的高级应用型农业管理人才。目前有硕导32名，其中博士占比62.5%。有高校中青年学科带头人、省“151人才工程”、省“百千万”高技能领军人才培养工程、省高校领军人才“青年优秀人才”等各类人才14人，有中央（省）财政支持地方高校重点建设实验室3个。建有丽水市旅游发展研究中心、丽水学院区域经济与空间规划研究院、丽水学院生态经济研究所等科研机构，近年来承担省部级以上纵向科研项目60余项，其中国家级项目12项，地方服务项目190余项，科研经费1500余万元，科研成果获市级以上政府奖27项，53篇决策咨询获国家和省市领导批示、采纳，为培养硕士研究生提供良好保障。